Diagnostik- und Forschungszentrum

Forschungsschwerpunkt Hochrisikopathogene

Teamleiter: Kurt Zatloukal

Fokus: Ein Schwerpunkt ist die Grundlagenforschung betreffend molekularer Krankheitsmechanismen von Stoffwechselerkrankungen der Leber, Tumoren der Leber und des Verdauungstraktes sowie anderer Organe und Infektionskrankheiten (COVID-19). Des Weiteren sind wir an der Entwicklung und Standardisierung molekulare Analyseverfahren beteiligt und beschäftigen uns mit Ansätzen des maschinellen Lernens zur Analyse von großen Bilddaten in der digitalen Pathologie. In der Folge sind wir am Aufbau mehrerer europäischer Forschungsinfrastrukturen wie der Biobankeninfrastruktur (BBMRI-ERIC), der Infrastruktur für Hochsicherheitslabore (ERINHA) und Gensequenzierungsinfrastruktur (EASI-Genomcis) beteiligt.

Vernetzung: Die Forschungsarbeiten sind durch hohe Interdisziplinarität gekennzeichnet und erfolgen primär auf europäischer und internationaler Ebene was sich in einer starken internationalen Vernetzung abbildet. Insgesamt bestehen wissenschaftlichen Kooperationen mit 68 Universitäten und Forschungseinrichtungen in 17 Ländern. Darüber hinaus bestehen mehrere Industriekooperation mit nationalen und internationalen Unternehmen sowie Kooperationen mit internationalen Patient*innenorganisationen.

Projekte

bmbwf-Projekte: BBMRI.AT, HDHL-INTIMIC, Mikroskopische Lehre in der Medizin 2.0, Interuniversitäre Infrastruktur für digitale Pathologie

BBMRI.AT - Österreichische Forschungsinfrastruktur für Biobanken und biomolekulare Ressourcen

  • BBMRI.at ist der von uns koordinierte nationale Knoten über den österreichische Biobanken an die europäische Biobanken Forschungsinfrastruktur BBMRI-ERIC angebunden sind. Hauptaufgabe von BBMRI.at ist es, eine standardisierte Qualität von biologische Proben und Daten zu gewährleisten und dadurch die Aussagekraft und Reproduzierbarkeit von Forschungsdaten zu erhöhen. Weiters soll der Zugang zu qualitätskontrollierten Proben und Daten für die Forschung erleichtert werden wobei besonderes Augenmerk auf die ethischen, (Datenschutz)rechtlichen und gesellschaftlichen Aspekte gelegt wird. Weitere Informationen unter: http://bbmri.at/
  • Laufzeit: 2018-2023
  • Gefördert durch: Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung
  • Projektpartner: Medizinische Universität Wien, Medizinische Universität Innsbruck, Alpen Adria Universität Klagenfurt, Veterinärmedizinische Universität Wien, Paracelsus Medizinische Universität Salzburg, Johannes Kepler Universität Linz, Universität Wien

HDHL-INTIMIC Knowledge Platform on Food, Diet, Intestinal Microbiomics and Human Health

  • Struktur und Konzept des Projekts bereiten die Bildung einer Europäischen Mikrobiom-Forschungsinfrastruktur vor. Das Projekt fördert transnationale Kommunikation und Zusammenarbeit zwischen den beteiligten Forschungsgruppen und will insbesondere existierende Ressourcen (Daten, Standards) integrieren und in mehreren Use-Cases weiter aufbereiten. Das österreichische Konsortium hat diese Gelegenheit aufgegriffen und sich in das transnationale Konsortium in allen Arbeitspaketen integriert (Med Uni Graz ist in 5 davon aktiv). Insbesondere leiten Med Uni Wien und Med Uni Graz gemeinsam das Arbeitspaket 5, ‚Networking and training‘, dass die interne und externe Kommunikation organisiert, eine der zentralen Aufgaben des Projekts. Weitere Informationen unter: https://www.healthydietforhealthylife.eu/index.php/era-net/hdhl-intimic
  • Laufzeit: 2019-2022
  • Gefördert durch: Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung
  • Projektpartner*innen: Karl-Franzens Universität Graz, Medizinische Universität Wien, Sigmund-Freud Privatuniversität Wien, Veterinärmedizinische Universität Wien sowie 42 weitere Europäische Projektpartner*innen.

Mikroskopische Lehre in der Medizin 2.0

  • Die Lehre für Medizinstudierende ist seit vielen Jahrzehnten von der praktischen Ausbildung am Mikroskop geprägt. Technische Fortschritte in der Digitalisierung histologischer Schnitte haben nun neue Möglichkeiten eröffnet, digitalisierte Bilder in der Ausbildung von Mediziner*innen einzusetzen. Digitalisierte Bilder ermöglichen auch die Verwendung von auf künstlicher Intelligenz basierenden Analysemethoden. Damit können anhand praxisrelevanter Beispiele ein kritischer Umgang mit diesen neuen Technologien vermittelt und entsprechende Kompetenzen aufgebaut werden.
  • Laufzeit: 2020-2024
  • Gefördert durch: Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung

Interuniversitäre Infrastruktur für digitale Pathologie

  • Histologische Schnittpräparate enthalten detaillierte Information über Krankheitsprozesse, die für die medizinische Forschung und Diagnose von Erkrankungen unerlässlich ist. Durch Fortschritte in der Digitalisierung von histologischen Schnitten und mittels maschinellen Lernens wird es nun möglich, digitale Informationen aus komplexen Bildern von Gewebeschnitten zu analysieren. Hierfür wird eine nationale interuniversitäre digitale Pathologieinfrastruktur aufzubauen, die die medizinischen Universitäten in Graz, Wien und Innsbruck sowie die Veterinärmedizinische Universität Wien involviert.
  • Laufzeit: 2017-2021
  • Gefördert durch: Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung
  • Projektpartner*innen: Medizinische Universität Wien, Medizinische Universität Innsbruck, Veterinärmedizinische Universität Wien

SARS-CoV-2 und COVID-19

  • In unserem BSL-3 Labor wurden mehrere SARS-CoV-2 Virusvarianten kultiviert und für ein breites Spektrum von funktionellen Studien eingesetzt. Bearbeitete Fragestellungen umfassen die Testung von antiviralen Medikamenten, Testung von Antikörpern, Testung von Nasensprays und Naturstoffen, Entwicklung und Validierung von Diagnostika, Testung und Entwicklung von Verfahren zur Virusinaktivierung und Wiederaufbereitung von Schutzausrüstung. Hierfür setzen wir Virusneutralisierungsassays sowie neueste Technologien wie in-situ Transkriptomanalysen und Organoid- und Organkulturen ein.
  • Laufzeit: 2020-2024
  • Gefördert durch: Med Uni Graz, Med Uni Wien, Uni-Graz, acib, FFG, MEFO
  • Projektpartner*innen: D&F Institut für Hygiene, Mikrobiologie und Umweltmedizin, Ludwig Boltzmann Institut für Lungengefäßforschung, Biobank Graz, Uni Graz, Med Uni Wien, acib, Max Plack Institut für Molekulare Genetik. Berlin, diverse Unternehmen

Proteinaggregation in degenerativen Erkrankungen der Leber und des Gehirns

  • Proteinaggregate treten bei einer Vielzahl von degenerativen Erkrankungen auf wie zum Beispiel Mallory Denk Körper bei Fettleberhepatitis und Leberkarzinomen oder Lewy Körper bei Morbus Parkinson sowie Neurofibrillary tangles bei Mrb. Alzheimer im Gehirn. Bei all diesen Proteinaggregaten haben wir das Protein p62 /Sequestosom 1 als gemeinsamen Bestandteil identifiziert. Mittel eines breiten Spektrums von Zellkulturmodellen und Gen-knock-out Mausmodellen untersuchen wir die Funktion von p62 und konnten unterschiedliche Mechanismen, die zur Proteinaggregation führen identifizieren.
  • Laufzeit: laufend
  • Gefördert durch: Med Uni Graz
  • Projektpartner*innen: Veterinärmedizinische Universität Wien, CERM Universität Florenz, ETH Lausanne

IDE@S - Innovative Data Environment @ Styria

  • Das Ziel des Projekts ist die Erstellung eines Konzepts für eine umfassende und nachhaltige Dateninfrastruktur für Universitäten, Hochschulen und Industrie. Das Projekt umfasst die Planung einer gemeinsam nutzbaren IT-Infrastruktur, Datendienstleistungen, erforderliche humane Ressourcen und die Entwicklung eines Governance-Modells inklusive Wirtschaftskonzept. Übergeordnetes Ziel ist die Stärkung des steirischen Hochschul- und Wirtschaftsraumes sowie die signifikante Steigerung der Sichtbarkeit der Steiermark auf europäischer Ebene im Bereich Data Science. Weitere Informationen unter: https://www.tugraz.at/projekte/ideas/home/
  • Laufzeit: 2020-2022
  • Gefördert durch: Land Steiermark
  • Projektpartner*innen: Technische Universität Graz, Karl-Franzens Universität Graz, FH Joanneum

EU-Projekte

SPIDIA4P - SPIDIA for Personalized Medicine - Standardisation of generic Pre-analytical procedures for In-vitro DIAgnostics for Personalized Medicine

  • Molekulare Diagnostik (z.B. Gensequenzierung) ist eine zentrale Säule in der personalisierten Medizin, um individuelle Erkrankungen korrekt zu charakterisieren. Die Aussagekraft von molekularen Analysen hängt jedoch unmittelbar von der Qualität der untersuchten biologischen Blut oder Gewebeprobe ab. Daher werden in SPIDIA4P europäische und internationale Standards (CEN und ISO Standards) für die Gewinnung und Verarbeitung von Proben für die molekulare Diagnostik entwickelt und deren Implementierung unterstützt. Weitere Informationen unter: https://www.spidia.eu/
  • Projektdauer: 2017-2021
  • Gefördert durch: EU - Horizon 2020
  • Projektpartner: Qiagen GmbH, LGC Limited, Technische Universität München, Deutsches Institut für Normung, Preanalytix GmbH, Inivata Ltd, Cambridge Protein Arrays Ltd, Tataa Biocenter AB, Universita degli Studi di Firence, Consorzio Interuniversitario Risonanze Magnetiche di Metallo Proteine, Universita degli Studi di Trieste, Universita degli Studi di Torino, Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium, Luxembourg Insitute of Health, Insitut National de la Sante et de la Recherche Medicale, ERASMUS Universitair Medisch Centrum Rotterdam, Fundacio Centre de Regulacio Genomica, Fondazione IRCCS Instituto Nazionale die Tumori

 

Instand-NGS4P - Integrated and Standardized NGS Workflows for Personalised Therapy

  • Instand-NGS4P ist ein von uns koordiniertes EU Projekt zur Verbesserung des medizinischen Nutzens von Next Generation Sequencing (NGS) für Krebspatienten durch die Entwicklung eines integrierten und standardisierten NGS-Workflows und der Integration von Informationen aus Krebsgentests, pharmakogenetischen Tests und E-Medikation zur Unterstützung der Therapieentscheidung am Krankenbett. Das Projektteam spezifiziert Anforderung für NGS workflows und wickelt öffentliche Ausschreibungen für Unternehmen ab, um die Weiterentwicklung der erforderlichen Technologien zu finanzieren. Weitere Informationen unter: https://www.instandngs4p.eu/
  • Laufzeit: 2020-2025
  • Gefördert durch: EU – Horizon 2020, pre-Procurement Project
  • Projektpartner: University of Florence, ERASMUS University Medical Centre, University of Milano-Bicocca, University Clinics of Schleswig-Holstein, St. Anna Children´s Cancer Research Institute, Centre Leon Bérard, Italian Patient Association (FAVO), European Cancer Patient Coalition, German Institute of Standardisation, Technical University of Munich, University of Ljubljana, University of Manchester, University of Liverpool, Organisation of European Cancer Institutes, University of Helsinki, BioXPedia, International Prevention Research Institute

EASI-Genomics - European Advanced infraStructure for Innovative Genomics

  • EASI-Genomics hat es sich zur Aufgabe gemacht, Forschern aus Wissenschaft und Industrie den Zugang zu modernsten Gensequenzierungstechnologien zu erleichtern, und zwar in einem Rahmen, der die Einhaltung ethischer und rechtlicher Anforderungen sowie ein FAIRes und sicheres Datenmanagement gewährleistet. EASI-Genomics wird einen vollständig finanzierten Zugang zu mehr als 150 transnationalen Projekten ermöglichen, die durch öffentliche Ausschreibungen und einen strengen, fairen und transparenten Peer-Review-Prozess ausgewählt werden. Weitere Informationen unter: https://www.easi-genomics.eu/home
  • Laufzeit: 2029-2023
  • Gefördert durch: EU – Horizon 2020
  • Projektpartner: Fundacio Centre de Regulacio Genomica, Commissariat a L’Energie Atomique et aux Energies Alternatives, Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Max Delbrueck Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gesellschaft, Katholieke Universiteit Leuven, Stockholms Universitet, Uppsala Universitet, Kungliga Tekniska Hoegskolan, Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg, Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale, European Molecular Biology Laboratory, Tartu Ulikool, Charite – Universitätsmedizin Berlin, LGC Limited, Qiagen GmbH

CY-BIOBANK – Biobanking and the Cyprus Human Genome Project

  • Ziel des Projektes ist es im Kontext des zypriotischen Genomprogramms eine Biobankinfrastruktur und ein Exzellenzzentrum in Zypern aufzubauen. Basierend auf den Erfahrungen der europäischen Biobanken-Forschungsinfrastruktur BBMRI-ERIC und des von der Med Uni Graz koordinierten österreichischen nationalen Biobankknotens sowie der Biobank Graz soll eine der modernsten Biobanken in Zypern entstehen. Eine besondere Stärke dieses Programms ist die Integration der Biobank mit der im Aufbau befindenden nationalen e-Health Plattform, um medizinischen Daten der Forschung zugänglich zu machen. Weitere Informationen unter: http://www.ucy.ac.cy/mmrc/en/center-of-excellence
  • Laufzeit: 2019-2026
  • Gefördert durch: EU - Horizon 2020, Teaming Projekt
  • Projektpartner: University of Cyprus, Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium (BBMRI-ERIC), RTD Talos Limited

 

ERINHA-Advance – Advancing European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents

  • Hochrisikopathogene sind als Auslöser von gefährlichen Infektionskrankheiten und Pandemien von zunehmender Relevanz. ERINHA verbindet Hochsicherheitslabore zu einer europäischen Forschungsinfrastruktur. Die Beteiligung an ERINHA hat an der Med Uni Graz den Aufbau eines BSL-3 Labors mit dem derzeit höchsten Sicherheitsstandard in Österreich ermöglicht und somit die Voraussetzung für zahlreiche Forschungsprojekte betreffend SARS-CoV-2 geschaffen. Weitere Informationen unter: https://www.erinha.eu/
  • Laufzeit: 2019-2021
  • Gefördert durch: EU – Horizon 2020
  • Projektpartner*innen: European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents, Institut National de la Sante de la Recherche Medicale, Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Folkhalsomyndigheten, Nemzeti Nepegeszsegugyi Kozpont, Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani-Instituto di Ricovere e Cura a Carattere Scientifico, INSERM Transfert SA, Karolinska Institutet, Katholieke Universiteit Leuven, Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin, ERASMUS Universitair Medisch Centrum Rotterdam

Digitale Pathologie Plattform; BigPicture

  • Das Projekt zielt darauf ab, ein Repository von rund 3 Millionen digitalisierten histologischen Schnitten zu erstellen. Dieses Repository wird verwendet, um Werkzeuge für künstliche Intelligenz zu entwickeln, die in der Diagnostik eingesetzte werden sollen. Um dieses Ziel zu erreichen, wird das Projekt zunächst die Infrastruktur schaffen, die zum Speichern, Freigeben und Verarbeiten von Millionen Datensätzen benötigt wird. Wir leiten das Arbeitspaket, das die ethischen, rechtlichen und regulatorischen Fragen für den Aufbau und Betrieb der Plattform entwickelt. Weitere Informationen unter: https://cordis.europa.eu/project/id/945358
  • Laufzeit: 2021-2027
  • Gefördert durch: EU- IMI
  • Projektpartner*innen: Medizinische Universität Wien, Stichting Katholieke Universiteit, Linkopings Universitet, The Leeds Teaching Hospitals National Health Service Trust, Universitair Medisch Centrum Utrecht, CSC-Tieteen Tieto Tektniikan Keskus OY, Uppsala Universitet, Fraunhofer Gesellschaft zur Förderung der Angewandten Forschung, Haute Ecole Specialisee de Suisse Occidentale, Technische Universiteit Eindhoven, Azienda Ospedaliera per L’Emergenza Cannizzaro, The University of Warwick, Technische Universität München, Institut Pasteur, Universite de Liege, Semmelweis Egyetem, Stichting het Nederlands Kanker Instituut – Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis, Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium (BBMRI-ERIC), DIN Deutsches Institut für Normung eV, Ostergotlands Lans Landsting, The European Institute for Innovation through Health Data, Helsingin ja Uudenmaan Sairaanhoitopiirin Kuntayhtymä, Philipps Universitaet Marburg, European Society of Pathology Digital Pathology Association inc, GBG Forschungs GmbH, TTopstart BV, Sectra AB, Cytomine, Stichting Lygature, Owkin France, Deciphex Limited, Phit BV, Time.Lex, Novartis Pharma AG, Janssen Pharmaceutica NV, Bayer Aktiengesellschaft, Boehringer Ingelheim International GmbH, Novo Nordisk A/S, Pfizer Ltd, F. Hoffmann-La Roche AG, Sanovi-Aventis Recherche & Developpment, Institut de Recherches Internationales Servier Iris, UCB Biopharma SRL

Diagnostik- und Forschungsinstitut für Pathologie

Univ.-Prof. Dr.
Kurt Zatloukal 
T: +43 316 385 71731