Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Dokumentation, Medizinische Universität Graz

FORSCHUNGSEINHEITEN

Forschungseinheit "EBM (Evidence Based Medicine) Review Center"

Die Forschungseinheit "EBM Review Center" des IMI wurde am 1. August 2009 eingerichtet und Frau Univ.-Doz. Dr. Andrea Siebenhofer-Kroitzsch zur Leiterin bestellt.

Mit 1. Jänner 2015 wurde das Institut für Allgemeinmedizin und evidenzbasierte Versorgungsforschung (IAMEV) an der Medizinischen Universität Graz eröffnet. Das IAMEV ist nun die zentrale Einrichtung für die bereits seit Jahren aktiv tätigen Lehrenden der Allgemeinmedizin und der Forschungseinheit "EBM Review Center".

Erklärte Absicht der Forschungseinheit ist die Erstellung von systematischen Übersichtsarbeiten und Meta-Analysen zu bestimmten medizinischen Fragestellungen. Die Ergebnisse sollen nicht nur eine Grundlage für Versorgungsentscheidungen im Gesundheitsbereich, für Health Technology Assessments, Disease-Management-Programme und Leitlinien bilden, sondern sie sollen auch praktisch tätige Ärztinnen und Ärzte bei diagnostischen und therapeutischen Entscheidungen unterstützen und als Basis für die Erstellung von Patienteninformationen dienen. Ebenso sind als konkrete Aufgaben die Weiterentwicklung von Methoden zur Studienbewertung im Sinne einer Methoden-Grundlagenforschung sowie Fortbildung und Lehre (SSM Evidenzbasierte Medizin in der Praxis) zu sehen.

Kontakt: Klaus Jeitler

Forschungseinheit "Human-Computer Interaction for Medicine & Health Care (HCI4MED)"

Die Forschungseinheit "HCI4MED" wurde am 14. April 2008 eingerichtet und Herr Univ.-Doz. Ing. Mag. Mag. Dr. Andreas Holzinger zum Leiter bestellt.

Zu den zentralen Herausforderungen in unserer vernetzten Welt zählen die zunehmend großen, komplexen und oftmals schwach strukturierten Datenmengen. Diese immer monströser werdenden Datenmengen erfordern neue, effiziente und benutzerfreundliche Lösungen zur Wissensentdeckung in diesen Daten. In der Biomedizin wird die Herausforderung am deutlichsten: Durch den Trend zur personalisierten Medizin explodiert quasi die Menge an generierten biomedizinischen Daten. Traditionelle Ansätze zur Dateninterpretation können mit den steigenden Anforderungen der End-Benutzerinnen und End-Benutzer oft nicht mehr mithalten oder liefern unzureichende Ergebnisse. Um mit dieser zunehmenden Flut an Daten umzugehen, bedarf es neuartiger mathematischer, informatischer und benutzerzentrierter Ansätze.

Die Forschungseinheit "Human-Computer Interaction für Medizin und Gesundheit" arbeitet konsequent an einer synergetischen Kombination zweier Bereiche, die zur Lösung dieser Herausforderungen ideale Voraussetzungen bieten: Human-Computer Interaction (HCI) und Knowledge Discovery from Data (KDD), mit dem Ziel, menschliche Intelligenz durch maschinelle Intelligenz zu unterstützen - um neue, vorher unbekannte Zusammenhänge zu entdecken. Im Zuge dieser Bestrebungen wurde 2011 in Graz im Verlauf der vom Institut für medizinische Informatik, Statistik und Dokumentation organisierten Tagung "USAB 2011 - Information Quality in e-Health" das internationale Exzellenz-Netzwerk "HCI-KDD" gegründet. Mehr Information siehe: http://www.hci4all.at.

Kontakt: Andreas Holzinger

Forschungseinheit "Statistische Bioinformatik (StatBInf)"

Die Forschungseinheit "Statistische Bioinformatik" wurde am 1. Dezember 2012 eingerichtet und Herr ao. Univ.-Prof. Dr. Dr. Michael G. Schimek zum Leiter bestellt. Sie deckt eine neue akademische Spezialisierung ab und war 2012 international eine der ersten ihrer Art.

Die Forschungseinheit "Statistische Bioinformatik", an der Schnittstelle zwischen Biostatistik und Bioinformatik, ist Teil eines weltweiten akademischen Netzwerkes und arbeitet eng mit klinischen und biologischen Forscherinnen und Forschern zusammen.

Im den vergangenen zwei Jahrzehnten entwickelten sich die sogenannten "omics"-Technologien, Laborverfahren, die die Life Sciences revolutionierten. Von besonderem Interesse für die StatBInf-Gruppe sind folgende – heute weit verbreitete – Labortechnologien: die genomumfassende Quantifizierung der Genexpression durch Microarrays und Next Generation Sequencing (Transcriptomik), die Analyse von (Mischungen von) Proteinen mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese (Proteomik) und die Charakterisierung von Metabolyten in Zellen durch Massenspektrometrie (Metabolomik). Die Herausforderung dabei ist, mit den neuen Biotechnologien Schritt zu halten und vor allem auch die enormen Datenvolumina (Big Data) unterschiedlicher Herkunft zu bewältigen. Aus diesem Grund sind fortgeschrittene statistische Verfahren sowie hocheffiziente Computertechnologien unabdingbar. Diese zu entwickeln ist die Aufgabe der StatBInf-Gruppe. In der Vergangenheit, vor Errichtung der Forschungseinheit, wurden für verschiedene Array-Techniken statistische Werkzeuge produziert, implementiert und angewandt. Nunmehr liegt der Fokus auf statistischen Aspekten des Next Generation Sequencing, insbesondere Normalisierungs- und Inferenzprobleme der Post-Alignment-Analyse. Einen weiteren Schwerpunkt seit einigen Jahren bilden Methoden für die statistische Integration (Data Fusion) von "omics"-Daten, insbesondere mittels rangbasierten Techniken. Hier ist das Open-Source-Softwarepaket TopKLists zu nennen. Seine letzte Version findet man auf CRAN. Weiters gibt es eine TopKLists-Homepage mit einem Tutorial (eine R-Vignette) und einen "Show Case", der miRNA-Messungen von unterschiedlichen Studien analysiert. Von der Forschungseinheit StatBInf werden auch andere Softwaretools in R (kompatibel mit dem Bioconductor-Projekt) entwickelt, und zwar sowohl für etablierte als auch für neue statistische und graphische Verfahren.

StatBInf organisiert auch internationale Fachkongresse wie das ISNPS Meeting "Biosciences, Medicine, and novel Non-Parametric Methods" in Graz 2015. Prof. Schimek ist an der Medizinischen Universität Graz für die Lehre in Bioinformatik zuständig und betreut Doktoratsstudentinnen und -studenten sowie Postdocs in diesem Fachbereich. Für diesen Personenkreis wird auch ein Privatissimum angeboten. Als Gast- oder Honorarprofessor lehrt er an diversen anderen Universitäten Biostatistik und Biocomputing.

StatBInf steht in engem Bezug zum Forschungsfeld "Cancer" der Medizinischen Universität Graz und unterstützt auch die ansässige Leukämieforschung. Neue Kooperationen mit biomedizinischen Einrichtungen (akademisch oder industriell), wie mit CBmed, auch außerhalb der Krebsforschung, sind stets willkommen (siehe Kontaktinformation).

Kontakt: Michael G. Schimek
 
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Betreuerin, 2018-03-02